知多少
純化核酸始末
萬事開頭難,純化核酸作為絕大部分
分子實驗的起始,對后續實驗的
成敗有著至關重要的影響。
微量/超微量紫外分光光度計由于可以簡單快速、經濟實惠地檢測核酸濃度及蛋白質、鹽離子殘留,得到廣大科研人員的青睞。
眾所周知,A260表示核酸吸光度OD值、A280表示蛋白質濃度吸光度OD值、A230表示鹽離子濃度吸光度OD值,因此A260可以換算核酸濃度,A260/280表示蛋白質殘留,A260/230表示鹽離子殘留,但這僅僅是研究人員根據大量測量結果后發現的規律,“約定俗成”地認為在一定程度上可說明DNA、RNA的純度。并不是核酸產量、純度鑒定的唯一標準,僅僅作為參考,也不是“金標準”。
Thermo Fisher ND-2000說明書中重點強調了檢測結果的可信度
究其原因,使用微量/超微量紫外分光光度計獲得的結果僅僅是從側面反應核酸產量及純度,影響因素較多(光路、樣本量、樣本濃度、pH值、其他影響吸光度測量的離子等),測得的OD值并不一定準確。同時,由于吸光度值測定物質缺少特異性,單鏈DNA、雙鏈DNA、RNA、dNTPs、以及部分蛋白均在260nm波長處存在吸收峰,單靠A260確定的濃度并不一定是真實DNA或RNA的濃度,且并不能判斷其完整性與降解情況。
那么如何判斷我們純化核酸的質量呢?除使用微量/超微量紫外分光光度計進行檢測外,還需要通過瓊脂糖凝膠電泳等方法,來直觀的顯示核酸的純度及完整度,并在一定程度上標示濃度。這樣從多種方法的檢測結果中獲得的核酸產量、純度才是可信的。
FG實驗圖對比
(OD測量值及相應電泳圖)
FG評測指標
是否有核酸產量、質量檢測的“金標準”呢?
據我們所知,簡單、快速且廉價的方法暫時是沒有的。不論是分光光度計、凝膠電泳,以及質譜檢測,均是從不同側面反應了溶液中核酸濃度及純度,需要互為參考得出判斷。
而最佳的評測指標永遠是后續的實驗應用,不影響反轉錄效率、PCR擴增效率,獲得可信的擴增產物、Ct值,測序獲得完整序列,就是成功的核酸提取。
綜上所述,唯比值論的觀點,理應受到“以好的下游實驗結果,作為好的提取參數”觀點的挑戰!